Gli scopi della F.I.S.A. sono:

• tutelare il prestigio dell'Agopuntura;
• contribuire alla diffusione dell'Agopuntura e alla sua integrazione con la moderna biomedicina;
• fornire una corretta informazione sull'Agopuntura e difendere l'Agopuntura come atto medico;
• promuovere la ricerca di alta qualità nel campo dell'Agopuntura;
• definire linee guida e buone pratiche clinico-assistenziali;
• favorire tutte le iniziative che possono apportare acquisizioni culturali alle Società che rappresenta;
• coordinare la formazione di medici agopuntori nell’ottica dell’integrazione con la Medicina Occidentale, secondo i criteri di efficacia, sicurezza e costo-efficacia e in ottemperanza all'Accordo Stato-Regioni 2013;
• nominare suoi rappresentanti presso Commissioni, Enti o Organizzazioni a livello regionale, nazionale e internazionale;
• collaborare con i suddetti Enti o Organizzazioni per la realizzazione di iniziative o provvedimenti che possono interessarla;
• rappresentare presso le Autorità nazionali e internazionali, gli interessi dei propri associati;
• istituire borse di studio e premi da assegnare ai ricercatori più meritevoli delle società aderenti per la ricerca coordinata da parte delle Società e della F.I.S.A., in Agopuntura e tecniche complementari.